定款変更で法務局登記が必要なケースと過料｜手続きの流れを完全解説

行政書士　小野馨

こんにちは。行政書士の小野馨です。

今回は、定款変更で法務局登記が必要なケースと過料、手続きの流れについて解説します。

会社を経営していると、事業拡大に伴う新規事業の立ち上げや、オフィスの移転、あるいは役員の入れ替わりなど、定款の内容を見直さなければならないタイミングが必ず訪れます。

そんなとき、多くの経営者様が直面するのが「定款を変更したら、法務局への手続きは毎回必要なのかな？」「怠った時の過料や登録免許税などの費用はどれくらいかかるの？」という疑問や不安です。

実際、私のところにご相談に来られるお客様の中にも、「社内で定款を書き換えたからこれで大丈夫だと思っていた」とおっしゃる方が少なからずいらっしゃいます。

しかし、定款変更には「社内の手続き」と「対外的な手続き（登記）」の2つの側面があり、これらを混同してしまうと非常に危険です。

手続きを後回しにしていると、法律で定められた期限を過ぎてしまい、場合によっては裁判所から過料という罰金を支払わなければならないリスクも潜んでいます。

これでは、せっかく事業を前進させるための変更が、思わぬコストを生むことになりかねません。

この記事では、法務局での登記が必要になる具体的なケースや、実際の申請の流れ、そしてご自身で手続きする場合について、実務の視点から徹底的にわかりやすく解説します。

複雑に見える手続きも、ポイントさえ押さえてしまえば決して怖くありません。

会社のコンプライアンスを守り、安心して事業に専念できるよう、一緒に一つひとつ確認していきましょう。

なお、法務局へ行く前の『株主総会の開催方法』や『議事録の作り方』については、こちらの記事（定款変更の手続き完全ガイド！自分でやる方法や費用・必要書類）をご覧ください。

定款変更と法務局への登記義務

「定款を変えた」ということと、「登記を変える」ということは、密接に関係していますがイコールではありません。

定款を変更したからといって、必ずしも毎回法務局へ行く必要があるわけではないのです。

しかし、会社の根幹に関わる重要事項が変わる場合は、会社法によって「変更登記」という手続きが義務付けられています。

ここではまず、どのような時に法務局での手続きが必要で、逆にどのような時は不要なのか、そして手続きにはどれくらいの費用や期間がかかるのか、その全体像をしっかりと把握しておきましょう。

登記事項の分類と変更が必要なケース

株式会社の定款に記載されているルールや情報は、会社法によって大きく「絶対的記載事項」「相対的記載事項」「任意的記載事項」の3種類に分類されます。

この分類を正しく理解することが、法務局への手続きが必要かどうかを判断する第一歩となります。

結論から申し上げますと、法務局での手続き（変更登記）が必要になるのは、主に「登記事項として登記簿（登記事項証明書）に記載されている項目」を変更した場合です。

まず、「絶対的記載事項」についてです。

これは会社名（商号）、事業目的、本店所在地、発行可能株式総数などが該当します。

これらは会社の基本情報として必ず定款に記載しなければならず、同時に登記簿にも記載される項目です。

したがって、これらに変更が生じた場合は、株主総会で定款変更の決議を行うだけでなく、必ず法務局で登記の内容も書き換えてもらう必要があります。

次に、「相対的記載事項」です。

これは定款に記載しなくても定款自体の効力には影響しませんが、記載することで初めて法的な効力を持つ事項です。

これらも登記簿に記載される重要な項目ですので、「取締役会を廃止したい」あるいは「株式の譲渡制限を変更したい」といった場合には、定款変更とともに変更登記が必須となります。

一方で、「任意的記載事項」についてはどうでしょうか。

これは、事業年度（決算期）や定時株主総会の開催時期（招集時期）、議長に関する規定などが該当します。

これらは定款に記載することは自由ですが、登記簿には記載されない情報です。

そのため、例えば「決算期を3月から12月に変更したい」という場合、株主総会で定款変更の決議を行えば手続きは完了します。

税務署などへの届出は必要ですが、法務局への変更登記申請は不要なのです。

このように、「定款が変わったから登記も必要」と自動的に考えるのではなく、「変更した内容は登記簿に載っている項目かどうか」という基準で判断することが大切です。

ここを間違えると、不要な手続きに時間を費やしてしまったり、逆に必要な手続きを漏らしてしまったりする原因になります。

定款の具体的な書き方については、以下の記事でも詳しく解説していますので、あわせて参考にしてください。

（参考：【完全版】定款の作り方｜プロがわかりやすく書き方のポイントを逐条解説！）

申請期限の2週間と過料のリスク

定款変更に伴う登記手続きにおいて、私が最も強調しておきたい注意点が「申請期限」です。会社法第915条第1項には、登記事項に変更が生じた場合、「その効力発生日から2週間以内」に本店所在地において変更登記を申請しなければならないと、明確かつ厳格に定められています。

この「2週間」という期間は、意外とあっという間に過ぎてしまいます。例えば、4月1日に株主総会を開いて「商号変更」を決議し、その場で「本日より変更する」とした場合、4月1日が効力発生日となります。ここから2週間以内に書類を揃え、申請書を作成し、法務局へ提出しなければなりません。もし、新年度の忙しさにかまけて手続きを後回しにし、気づけば1ヶ月経っていた…となると、これは法律違反の状態（登記懈怠）となってしまいます。

「少しくらい遅れても、後で手続きすれば大丈夫だろう」と油断していると、思わぬペナルティを受けることになります。期限を過ぎてから申請を行うと、登記自体は受理されますが、後日、登記官から裁判所へ通知が行き、代表者個人に対して「過料（かりょう）」という制裁金が科される可能性があります。過料の額は法律上「100万円以下」とされていますが、実務上は遅れた期間の長さに応じて数万円から十数万円程度になることが多いようです。

ここで特に怖いのが、過料の通知は忘れた頃にやってくるという点です。登記申請をしてから数ヶ月後、あるいは数年後に、突然裁判所から代表者の自宅に通知が届きます。しかも、この過料は会社法上の義務違反に対する制裁であるため、会社の経費（損金）として処理することができず、代表者が個人のポケットマネーから支払わなければなりません。経営者にとっては、金銭的な痛みだけでなく、「法律を守らなかった」という心理的なダメージも大きいものです。

また、この「2週間」のカウント（起算日）にも注意が必要です。基本的には変更の効力が発生した日が起算日ですが、例えば「〇月〇日をもって変更する」と未来の日付を指定した場合や、行政庁の許認可が下りることを条件とした場合など、ケースによって起算日が変わることがあります。ご自身で判断がつかない場合は、早めに専門家に相談することをお勧めします。

登録免許税の費用と計算方法

法務局で変更登記の手続きをする際には、手数料として「登録免許税」という国税を納める必要があります。これは現金で窓口で支払うのではなく、基本的には必要な金額分の「収入印紙」を郵便局や法務局内の売店で購入し、申請書の台紙に貼り付けて納付する形をとります（オンライン申請の場合は電子納付も可能です）。

この登録免許税の金額は、変更する内容によって「定額（一律〇〇円）」の場合と、「従価（資本金の額などに応じて変動）」の場合に分かれます。主な費用の目安は以下の通りです。

多くの中小企業で発生する「役員変更」については、資本金の額が1億円以下であれば1万円で済みますが、1億円を超えると3万円になります。また、「商号変更」と「目的変更」を同時に行う場合などは、申請書を1通にまとめることができますが、登録免許税はそれぞれの区分ごとに計算されるため、「商号変更分3万円 ＋ 目的変更分3万円 ＝ 合計6万円」が必要になります（これを「区分ごとの課税」といいます）。

特に注意が必要なのが、資本金を増やす「増資」の場合です。登録免許税は「増加する資本金の額 × 0.7%」で計算されます。例えば、1,000万円増資する場合は7万円の税金がかかります。しかし、計算結果が3万円未満になる場合（例えば100万円の増資なら7,000円ですが）は、最低税額として一律3万円を納めなければなりません。この計算を間違えて収入印紙を少なく貼ってしまうと、法務局から補正（修正）の連絡が来て手続きが止まってしまいますので、事前の計算は慎重に行いましょう。

正確な税額については、国税庁のタックスアンサーなどでも確認できます。

（出典：国税庁『No.7191 登録免許税の税額表』https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/inshi/7191.htm）

司法書士の報酬相場と自力申請

登記手続きを進めるにあたって、経営者の皆様が悩むのが「誰が手続きを行うか」という点でしょう。大きく分けて、プロである「司法書士に依頼する」か、コストを抑えて「自分で申請する」かの2つの選択肢があります。それぞれのメリット・デメリットと、費用の相場観について詳しく解説します。

まず、司法書士に依頼する場合です。この場合、先ほど説明した登録免許税（実費）とは別に、司法書士への「報酬（手数料）」が発生します。一般的な報酬相場としては、比較的シンプルな役員変更や目的変更で2万円〜5万円程度、手続きが複雑になる増資や管轄外への本店移転などでは5万円〜10万円程度が目安となります。

「紙一枚出すだけで数万円もかかるの？」と思われるかもしれませんが、司法書士の業務は単なる代書ではありません。彼らは法律の専門家として、株主総会の招集手続きに違法性がないか、定款の条文が会社法に適合しているか、そして申請する人が本当に本人であるか（本人確認義務）などを厳密にチェックします。これにより、「将来的に会社法違反で訴えられるリスク」や「登記が無効になるリスク」を未然に防いでくれるのです。確実性と安心感、そして何より「自分の時間を本業に集中させる」ためのコストと考えれば、決して高くはない投資と言えるでしょう。

一方、「とにかく費用を節約したい」「会社法や登記の勉強も兼ねて自分でやってみたい」という方は、ご自身（会社の代表者）で申請することも可能です。最近では、法務局のホームページに申請書のひな形（Word形式など）が用意されていますし、民間の「登記書類作成支援サービス（AI入力など）」も充実してきました。

ただし、自分で申請する場合のリスクも理解しておく必要があります。最も大きなハードルは「書類の不備」です。法務局の審査は形式的かつ厳格で、誤字脱字はもちろん、「てにをは」の間違いや、印鑑の押し方ひとつでも訂正を求められます。不備があると、平日の昼間に何度も法務局へ足を運んだり、郵送でやり取りしたりと、想定以上の時間と労力を奪われることになります。

私の考えとしては、「役員の重任（再任）や単純な目的変更など、ルーティン的な手続きは自分でトライしてみる」、逆に「種類株式の発行、組織再編、複雑な定款変更など、法的な判断が難しい案件は司法書士に任せる」というように、難易度に応じて使い分けるのが賢い方法かなと思います。

郵送やオンライン申請の選び方

申請書類の準備ができたら、いよいよ法務局への提出です。提出方法は、大きく分けて「窓口持参」「郵送申請」「オンライン申請」の3つがあります。それぞれの特徴を知り、自社の状況に合った方法を選びましょう。

• 窓口持参管轄の法務局の窓口へ直接書類を持っていく方法です。最大のメリットは、その場で係官が形式的なチェックをしてくれる場合があり、明らかな不備（押印漏れなど）があればその場で直せる点です（※捨て印がある場合）。また、完了予定日などを直接聞ける安心感もあります。ただし、移動時間と交通費がかかる上、窓口が混雑していると待ち時間も発生します。
• 郵送申請申請書類一式を封筒に入れ、書留郵便などで法務局へ送る方法です。法務局へ行く手間が省けるため、地方の法務局が管轄の場合や、忙しい経営者には便利です。注意点としては、封筒の表面に「登記申請書在中」と朱書きすることと、必ず追跡可能な方法（簡易書留やレターパックプラスなど）で送ることです。また、不備があった場合の訂正には出頭が必要になるケースもあるため、書類の完成度に自信がある場合におすすめです。
• オンライン申請専用のソフトウェア（「申請用総合ソフト」など）を使って、インターネット経由でデータを送信する方法です。法務局へ行く必要がなく、登録免許税もネットバンキングで電子納付できるため、非常にスムーズです。また、補正がある場合もオンラインで連絡が来て、軽微なものであればシステム上で修正できることもあります。

定款変更の法務局申請と必要書類

「手続きが必要なのはわかったけれど、具体的に何を準備すればいいの？」という方のために、ここからは実務的な書類作成の流れとポイントを解説します。登記申請は「書類がすべて」の世界です。変更内容によって必要な添付書類がガラッと変わりますので、ご自身のケースに合わせて漏れがないよう確認してくださいね。

役員変更に必要な印鑑証明書のルール

定款変更に伴う役員構成の変更（新任、辞任、重任など）は、登記実務において最も頻繁に行われる手続きの一つですが、同時に最も書類不備が発生しやすいポイントでもあります。その最大の原因が、「印鑑証明書」の添付ルールが非常に複雑だからです。「誰の印鑑証明書が必要で、誰のが不要なのか」は、その会社が「取締役会を設置しているかいないか」によって大きく異なるため、慎重な判断が求められます。

まず、取締役会を設置していないシンプルな会社（取締役が1名のみ、または複数名いるが取締役会は置いていない会社）の場合を見てみましょう。この場合、新しく就任する取締役は、原則として個人の実印を押した「就任承諾書」を作成し、あわせてその実印の「印鑑証明書（発行から3ヶ月以内）」を添付する必要があります。これは、勝手に他人の名前を使って役員に就任させるような「虚偽登記」や「乗っ取り」を防ぐための重要なセキュリティ措置です。

一方で、取締役会を設置している会社の場合はどうでしょうか。この場合、代表権を持たない「平取締役」や「監査役」については、就任承諾書への押印は「認印」でも構わないとされています。つまり、個人の印鑑証明書の添付も基本的には不要です（※例外として、取締役会設置会社でも、その取締役の就任によって取締役会の構成員が変わる場合など、本人確認証明書として住民票の写しなどが求められるケースはあります）。ただし、代表取締役に選定された方については、当然ながら実印と印鑑証明書が必須となります。

また、最近の実務で特に注意が必要なのが「辞任」の手続きです。以前は辞任届に認印を押せば受理されていましたが、知らない間に勝手に役員を辞めさせられるトラブルを防ぐため、規則が厳格化されました。現在では、辞任届には「個人の実印」を押して印鑑証明書を添付するか、もしくは法務局に登録している「会社実印（代表者印）」を押印することが求められています。

このように、「自分の会社はどっちのタイプだっけ？」というところからスタートし、必要な書類をリストアップしていくことが大切です。詳細な添付書類の規定については、法務省のガイドラインも参考にしてください。

（出典：法務省『商業・法人登記の申請書様式』https://www.moj.go.jp/ONLINE/COMMERCE/11-1.html）

増資登記の払込証明書と節税対策

事業拡大のために増資（募集株式の発行）を行う際、定款の発行可能株式総数を変更すると同時に、資本金の額の変更登記も行います。ここで経営者の皆様にぜひ知っておいていただきたいのが、登録免許税を適法に節約するテクニックと、増資特有の添付書類「払込証明書」の作成方法です。

まず、お金の話からしましょう。増資の登録免許税は「増加する資本金の額 × 0.7%」で計算されます。例えば、ベンチャーキャピタルや個人投資家から合計1億円の出資を受けたとします。この1億円を全額資本金に組み入れると、登録免許税は70万円にもなります。スタートアップ企業にとって、この出費は決して小さくありません。

しかし、会社法（第445条）では、「出資額の2分の1を超えない額は、資本金に計上せず、資本準備金としてもよい」と明確に認められています。つまり、1億円のうち5,000万円を資本金とし、残りの5,000万円を資本準備金として処理することができるのです。こうすれば、登録免許税の計算対象は5,000万円となり、税額は35万円で済みます。これだけで35万円ものキャッシュアウトを防げるわけです。さらに、資本金を1億円以下に抑えておくことは、法人税の中小企業軽減税率の適用や、外形標準課税の対象外となるなど、税務上のメリットも非常に大きいです。

次に、書類の話です。増資の登記には「払込証明書」という書類が必要です。これは、「確かにお金が会社の口座に入りましたよ」と代表者が証明するものです。作り方は以下の通りです。

1. 証明書の作成：A4用紙に「払込証明書」と題し、「当会社の募集株式発行による出資の払込みとして、以下の金額の入金があったことを証明します」と記載し、払込総額、日付、商号、代表者名を書き、会社実印を押します。
2. 通帳のコピー：会社名義の通帳を用意し、「表紙」「表紙の裏（支店名などが書いてあるページ）」「振込が記載されている明細ページ」の3箇所をコピーします。
3. 合綴（がってつ）：証明書を表紙にして、通帳のコピーをホッチキスで留めます。そして、各ページの継ぎ目に会社実印で「契印（割印）」を押します。

最近はネット銀行を利用されている会社も多いと思いますが、その場合は通帳がないため、インターネットバンキングの管理画面から「振込先」「振込元」「金額」「日付」がわかる画面をプリントアウトして、同様に合綴すれば大丈夫ですよ。

本店移転の管轄外申請の注意点

オフィスの引越し（本店移転）は、法務局の管轄が変わるかどうかで手続きの手間と複雑さが天と地ほど異なります。「住所が変わるだけだから簡単だろう」と考えていると、思わぬ落とし穴にはまることがあります。

まず「管轄内移転」（例：東京都渋谷区から同じ渋谷区内へ移転）の場合、手続きは比較的シンプルです。今の法務局に申請書を1通提出すれば完了します。

一方、非常に厄介なのが「管轄外移転」（例：東京都渋谷区から東京都港区へ移転）の場合です。渋谷区を管轄するのは「東京法務局渋谷出張所」、港区を管轄するのは「東京法務局港出張所」ですので、管轄が変わります。この場合、「旧本店所在地の法務局」と「新本店所在地の法務局」、両方への申請が必要になります。

具体的な手続きの流れとしては、申請書を「旧本店用（転出届のようなもの）」と「新本店用（転入届のようなもの）」の2通作成します。そして、この2通をセットにして、「旧本店所在地を管轄する法務局」へまとめて提出します（ここを間違えて新法務局へ出してしまうと却下されます）。

このように、管轄外移転は非常に手間がかかる手続きです。移転日が決まったら、早めに司法書士に相談するか、余裕を持ったスケジュールで準備を進めましょう。

申請書の書き方と捨て印の実務知識

必要な書類がすべて揃ったら、いよいよ最後は「登記申請書」の作成と提出です。ここはまさに法務局手続きのクライマックスですが、意外と知られていない「現場でのテクニック」や「やってはいけないNG行動」があります。これを知っているかどうかで、万が一ミスがあった時の対応のスムーズさが段違いですので、ぜひここでマスターしておいてください。

登記申請書は、A4用紙の横書きで作成します。最近は法務局のホームページからWord様式をダウンロードできますので、それを活用するのが一番確実で手軽です。手書きでも可能ですが、修正の手間を考えるとパソコンでの作成を強くお勧めします。

ここで絶対に守らなければならないのが、「会社実印（法務局届出印）」を押すということです。認印や代表者個人の実印では受理されません。法務局に印鑑カードを使って証明書を出している、あの「代表者印」です。鮮明に、欠けないように押印してください。

魔法のハンコ「捨て印」で再来庁を防ぐ

私がお客様ご自身で申請される際に、必ずアドバイスしている「プロの知恵」があります。それは、「申請書の余白に捨て印（すていん）を押しておくこと」です。

捨て印とは、あらかじめ申請書の欄外（上部の余白など）にハンコを押しておくことで、「もし軽微な間違いがあったら、私の代わりにここを使って訂正していいですよ」という意思表示をするものです。法務局の窓口で「あ、ここの住所、ハイフンじゃなくて『番地』って書いてください」とか「『以上』の文字が抜けてますね」といった細かい指摘を受けることは日常茶飯事です。

この時、捨て印があれば、その場で登記官（または相談員）の指示に従ってすぐに訂正し、受理してもらうことができます。もし捨て印がないと、一度持ち帰って訂正印を押し直すか、会社実印を取りに会社へ戻らなければなりません。これはものすごい時間のロスですよね。申請書の上部にポチッと一つ押しておくだけで、このリスクを回避できるのです。

議事録の原本還付などの提出テクニック

登記申請に添付する「株主総会議事録」などの書類は、会社法上、会社でも原本を10年間保存する義務があります。しかし、原本をそのまま法務局に出してしまうと、戻ってきません。そこで行うのが「原本還付（げんぽんかんぷ）」請求です。

原本還付の手順は以下の通りです。

1. 提出する議事録（原本）のコピーをとります。
2. そのコピーの余白に「原本に相違ありません」と書き、申請書に押したのと同じ「会社実印」を押します。
3. コピーが複数枚になる場合は、ホッチキスで留めて、継ぎ目に「契印（割印）」を押します。
4. 原本とこのコピーを一緒にクリップなどでまとめて窓口に出し、「原本還付をお願いします」と伝えます（郵送の場合は、付箋などでメモをつけておくと親切です）。

そうすれば、登記官が照合した後、原本だけをその場で（郵送の場合は登記完了後に返信封筒で）返してくれます。会社の大切な記録を手元に残すためにも、このテクニックは必ず使ってくださいね。

定款変更と法務局手続きのまとめ

いかがでしたでしょうか。今回は、定款変更の中でも特に「法務局への手続き（登記申請）」というアクションにスポットを当てて、かなり踏み込んだ実務内容を解説してきました。

定款の中身を変える議論（社内手続き）ももちろん大切ですが、それを対外的に効力のあるものにするためには、この法務局での手続きがゴールとなります。どんなに素晴らしい事業目的を追加しても、どんなに優秀な役員を選任しても、登記が完了していなければ、取引先や銀行はその事実を確認することができず、ビジネスの機会損失につながりかねません。

• 変更の有無を確認：定款を変えたら、それが「登記事項（登記簿に載る項目）」かどうかを必ずチェックする。
• 期限を厳守：効力発生日から「2週間以内」に申請しないと、過料のリスクがあることを忘れない。
• コスト意識：増資時の資本準備金の活用や、管轄外移転の費用（6万円）など、事前に正確なコストを把握する。
• 不備対策：申請書には必ず「捨て印」を押し、議事録などは「原本還付」を活用して会社に記録を残す。

これらが、法務局手続きをスムーズに進め、会社を守るための鉄則です。

もし、「自分のケースではどんな書類が必要なのか判断がつかない」「管轄外への本店移転で手続きが複雑になりそうだ」と不安を感じる場合は、無理に自分で完結させようとせず、登記のプロフェッショナルである司法書士に相談することをお勧めします。専門家への報酬はかかりますが、それは「確実な登記」と「経営者の貴重な時間」、そして「法的リスクの排除」を買うための必要経費です。

この記事が、あなたの会社のスムーズな定款変更と、コンプライアンス経営の一助となれば幸いです。手続きという「守り」をしっかりと固めて、事業という「攻め」に全力を注いでくださいね。